Den första From Genome to Proteom konferensen hölls redan 1994 och har nu pågått i 20 år med ett möte vartannat år, i Siena med samma organisatörer. Detta möte blev det sista men kommer att övergå i en annan organisationsform och med en annan inriktning.
Konferensen i år var sponsrad av Proteome Sciences plc, Waters, Biognosys AG, EuPA OPEN PROTEMICS.
153 personer var registrerade, och ett stort antal studenter från universitetet i Siena deltog. 94 posters var presenterade i två olika sessions.
Presentationerna har var indelade mellan proteomanalyser av bl.a. cancer, hjärnan, organeller och kroppsvätskor.
I föredragen om cancer i session 2 hölls det 7 föredrag. Vår poster visades i postersession 2, och föredraget hölls först av föredragen i cancersessionen.
Ingen annan grupp hade ett diagnostiskt perspektiv och hade inte arbetat med trombocyter som vi har gjort. Det var få som använt två dimensionell gelelektrofores, 2D, som teknik för separation av proteomet för att skilja godartade förändringar från cancer vilket för mig verkar vara en alldeles lysande teknik p.g.a. möjligheten att i ett stort komplext material kunna följa enstaka proteiners varierande uttryck och identifiera post translationella förändringar (PTM), vilka är av stor betydelse vid cancerutveckling.
Ett föredrag handlade om prostata cancer och microdissection och de ville gärna ha ett samarbete med andra forskargrupper vilket vi är mycket intresserade av. Ett föredrag var om blåscancer och biomarkörer och de hade funnit proteinfragment i urinen som hade givit 9 möjliga intressanta peptidmarkörer; collagen, fibrinogen, complement C3, A1-antitrypsin, Apo lipoprotein A1, osteoponin, transthyretin och uromodulinpeptider. Det kommer nog att vara ett framtidsprojekt här också då stort intresse finns hos våra urologer att kunna säkerställa en diagnos vid njur och blåscancer. Ett föredrag handlade om biomarkörer och behandlig av pancreas-cancer, olika läkemedel för blockering av tumörtillväxt och biomarkörer ur pancreas tumör-vävnad. De hade studerat fosforyleringsgrad och sett ett stort antal olika fosforylerings platser (6284 stycken) och hade erhållit enorma mängder med data för vidare bearbetning/tolkning. Ett föredrag handlade om lacrimakörtelcancer vilket drabbar en liten population. Underlaget i studien var 2 cancer och 4 benigna, alla var asiater. Studien gjordes på tårvätska, och den statistiska bärkraften var lite tveksam men resultaten var intressanta.
Konferensen var mycket välorganiserad och det fanns bra tillfällen att skapa möten mellan deltagarna. Stort focus låg på MS anlyser, vilket inte är mitt huvud intresse, men är en ovärderlig teknik för vår grupp och i proteomiken. Väldigt lite multivariat & univariat analys av forskningsresultat och optimeringar vilket skulle vara en bra hjälp och ett bra redskap för många forskargrupper. Det var många som frågade och var mycket intresserade av vårt arbete och som fick mitt kort och som kommer att kontakta oss.
Jag har träffat Leigh Anderson, en av pioniärerna inom proteomikforskningen, från SISCAPA Assay Technologies, Washington, och haft ett mycket intressant samtal runt plasmamarkörer och vårt intresseområde trombocyter. Han tyckte att vi skulle ta upp ett samarbete vilket han tidigare har haft tillsammans med professor Auer.
Korresponderar med dr. Francesco Finamore, Geneva Platelet Group, Schweiz och har fått ta del av deras provpreparerings metod där aktivering av trombocyter är minimerat och under kontroll vilket är av största intresse inom vårt projekt.